This function returns the configuration of the pipeline.
Examples
pipeline <- example_pipeline(type = "BulkPipeline")
#> Writing configuration parameters to: /tmp/RtmpA5lNG6/file329063b69b66/config_file_12944.json
#> Configured steps:
#> genome_alignment: TRUE
#> isoform_identification: TRUE
#> read_realignment: TRUE
#> transcript_quantification: TRUE
#> samtools not found, will use Rsamtools package instead
config(pipeline)
#> $pipeline_parameters
#> $pipeline_parameters$seed
#> [1] 2022
#>
#> $pipeline_parameters$threads
#> [1] 1
#>
#> $pipeline_parameters$do_barcode_demultiplex
#> [1] TRUE
#>
#> $pipeline_parameters$do_gene_quantification
#> [1] TRUE
#>
#> $pipeline_parameters$do_genome_alignment
#> [1] TRUE
#>
#> $pipeline_parameters$do_isoform_identification
#> [1] TRUE
#>
#> $pipeline_parameters$bambu_isoform_identification
#> [1] FALSE
#>
#> $pipeline_parameters$multithread_isoform_identification
#> [1] FALSE
#>
#> $pipeline_parameters$do_read_realignment
#> [1] TRUE
#>
#> $pipeline_parameters$do_transcript_quantification
#> [1] TRUE
#>
#> $pipeline_parameters$oarfish_quantification
#> [1] TRUE
#>
#>
#> $barcode_parameters
#> $barcode_parameters$max_bc_editdistance
#> [1] 2
#>
#> $barcode_parameters$max_flank_editdistance
#> [1] 8
#>
#> $barcode_parameters$pattern
#> $barcode_parameters$pattern$primer
#> [1] "CTACACGACGCTCTTCCGATCT"
#>
#> $barcode_parameters$pattern$BC
#> [1] "NNNNNNNNNNNNNNNN"
#>
#> $barcode_parameters$pattern$UMI
#> [1] "NNNNNNNNNNNN"
#>
#> $barcode_parameters$pattern$polyT
#> [1] "TTTTTTTTT"
#>
#>
#> $barcode_parameters$strand
#> [1] "-"
#>
#> $barcode_parameters$TSO_seq
#> [1] "AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACATGGG"
#>
#> $barcode_parameters$TSO_prime
#> [1] 5
#>
#> $barcode_parameters$cutadapt_minimum_length
#> [1] 10
#>
#> $barcode_parameters$full_length_only
#> [1] FALSE
#>
#>
#> $isoform_parameters
#> $isoform_parameters$generate_raw_isoform
#> [1] FALSE
#>
#> $isoform_parameters$max_dist
#> [1] 10
#>
#> $isoform_parameters$max_ts_dist
#> [1] 100
#>
#> $isoform_parameters$max_splice_match_dist
#> [1] 10
#>
#> $isoform_parameters$min_fl_exon_len
#> [1] 40
#>
#> $isoform_parameters$max_site_per_splice
#> [1] 3
#>
#> $isoform_parameters$min_sup_cnt
#> [1] 5
#>
#> $isoform_parameters$min_cnt_pct
#> [1] 0.001
#>
#> $isoform_parameters$min_sup_pct
#> [1] 0.2
#>
#> $isoform_parameters$bambu_ndr
#> [1] 0.5
#>
#> $isoform_parameters$bambu_verbose
#> [1] FALSE
#>
#> $isoform_parameters$bambu_trust_reference
#> [1] TRUE
#>
#> $isoform_parameters$strand_specific
#> [1] 0
#>
#> $isoform_parameters$remove_incomp_reads
#> [1] 4
#>
#> $isoform_parameters$downsample_ratio
#> [1] 1
#>
#>
#> $alignment_parameters
#> $alignment_parameters$use_junctions
#> [1] TRUE
#>
#> $alignment_parameters$no_flank
#> [1] TRUE
#>
#>
#> $realign_parameters
#> $realign_parameters$use_annotation
#> [1] TRUE
#>
#>
#> $transcript_counting
#> $transcript_counting$min_tr_coverage
#> [1] 0.4
#>
#> $transcript_counting$min_read_coverage
#> [1] 0.4
#>
#>